Jono Pauliko kūryboje vyrauja kamerinė-instrumentinė muzika, joje atsiskleidžia kai kurie neoklasicizmo stiliaus ypatumai. Pasirenkami tradiciniai žanrai: invencija, pasakalija, siuita, koncertas, sonata, kvintetas. Vienas svarbiausių kompozitoriaus muzikos elementų - polifonija; daugelyje kūrinių galima išgirsti kanonus, imitacijas, kontrapunktinius junginius, grindžiamus serijinei muzikai būdinga logika. Atskira Jono Pauliko kūrybos sritis - muzika liaudies instrumentams, kur išradingai, novatoriškai panaudojamos jų techninės galimybės.
