Jūratės Baltramiejūnaitės kūryboje ryškus folklorinis pradas, ritmas remiasi sutartinėms būdingų formulių kartojimu, harmonijai taip pat būdinga sutartinėms artima disonansinė struktūra. Melodinė linija dažniausiai plėtojama polifoniškai, pinant ir gretinant motyvus, frazes ir miniserijas. Ypač svarbią vietą Baltramiejūnaitės kūryboje užima muzika vaikams. Jūratė Baltramiejūnaitė sukūrė per 200 įvairaus žanro muzikos kūrinių. Svarbesni kūriniai: dvi operos vaikams, opera jaunimui "Pušis, kuri juokėsi", dvi kantatos, fortepijoninis kvintetas, vokaliniai ciklai, įvairios sudėties instrumentinės ir vokalinės kompozicijos, muzika dramos ir lėlių spektakliams. Kompozitorė yra pelniusi dešimt respublikinių premijų už dainas ir instrumentines kompozicijas.
